Ab dem 12. Dezember 2008 können Reisende von Schengen-Mitgliedsstaaten herkommend grundsätzlich ohne Passkontrolle (juristische Bezeichnung: "Personenkontrollen") über die Landesgrenzen in die Schweiz einreisen. Einzig die Schweizer Flughäfen bilden dann Schengen-Aussengrenzen, an denen die Pässe von Reisenden von und nach Nicht-Schengen-Ländern kontrolliert werden müssen. Dies unabhängig von der Nationalität des Reisenden. Da an diesen so genannten Binnenluftgrenzen Schengen gleichzeitig mit dem Flugplanwechsel am 29. März 2009 in Kraft tritt, werden die Passkontrollen in einer Übergangsphase vom 12. Dezember 2008 bis zum Flugplanwechsel für alle Passagiere bestehen bleiben.

Während der Übergangsphase vom 12. Dezember 2008 bis zum 29. März 2009 erfolgen die Passkontrollen für alle Passagiere wie gewohnt. Das sogenannte Schengen-Visum für Reisende aus Nicht-Schengen-Staaten ist ab dem 12. Dezember auch für die Einreise in die Schweiz gültig. Bei den Lokalpassagieren (Ausgangs- oder Endpunkt der Reise ist Zürich) wird die Passkontrolle zudem gemäss Schengen-Vorgaben durchgeführt. Diese beinhalten eine routinemässige Überprüfung der Ausweispapiere und eine Abfrage im neuen Schengener Informationssystem (SIS). Dies kann zu längeren Wartezeiten bei der Passkontrolle führen.

Ab dem 29. März 2009 müssen Schengen- und Nicht-Schengen-Passagiere am Flughafen Zürich räumlich getrennt werden. Zu diesem Zweck wurde und wird eine Reihe neuer Infrastrukturen erstellt (u.a. Busgates B01-10, Einreisehalle und Dock B. Ebenfalls ab dem 29. März 2009 entfällt ausserdem für Passagiere, die innerhalb des Schengen-Raums reisen (darunter fallen die meisten Europa-Destinationen), die Passkontrolle. Die Personenidentifikation beim Einchecken und Einsteigen bleibt jedoch bestehen. Deshalb muss weiterhin ein Identitätsdokument (Pass, ID) mitgeführt werden.